简单分子泵气路方案（如图）
一般用于测试分子泵性能或各种科学检测设备中，其应用特征是真空室内设施以及材料相对固定不变，无须经常打开真空室进行室内操作。如果前级使用油介质的旋片机械泵，应安装隔断放气阀。隔断放气阀必须与前级泵联动，以确保机械泵停电后，油蒸气甚至油液不会被吸入分子泵。有些旋片机械泵内自带隔断放气阀，以避免长期使用后，前级管路遍布油液、污染严重。
带有预抽（旁抽）功能的分子泵气路方案（中图）
一般用于真空室开启频繁的设备当中。分子泵在使用中应尽量避免反复启动。反复的启动分子泵，不但耽误时间，而且会导致分子泵频繁经过谐振区，加速对分子泵抽承的磨损。所以当开启真空室的时候，可关闭闸板阀和两个隔断阀，而后打开充气阀充气，气压恢复后，打开真空室进行各种应用操作，此时分子泵和前级泵处于正常运转状态。当再次给真空室抽真空的时候，先打开预抽隔断阀，用前级泵直接给真空室排气，当真空度达到前级泵极限以及分子泵安全工作气压时，关闭预抽阀，打开隔断阀和闸板阀，由此完成高真空的再次排气过程操作。
带有恒压控制的分子泵气路方案（左图）
应用于真空室需要充气、恒压的设备中，此类设备一般需要给真空室充入一些工艺气体，并保持一定的低气压。此时可关闭闸板阀，打开恒压气路，调整调节阀降低排气速度。恒压截止阀能避免频繁开闭调节阀，调节阀调整完毕后，一般靠截止阀来控制恒压气路的开闭。
阀门选配安装注意事项，一般的真空阀门，其密封方向是有区别的，应正确区分密封方向，不能安反，否则会造成阶段性漏气甚至无法获得正常真空指标：
l 闸板阀和隔断阀的密封面应在分子泵侧，当分子泵与真空室之间压差很大时（如预抽过程前后），能确保阀门不会在强气压差下被顶开。
l 旁抽阀密封面应在前级泵侧，当真空室恢复大气压时，能确保旁抽阀不会被大气压顶开。
l 隔断放气阀的密封面应在隔断阀和预抽阀一侧（其放气口在前级泵侧）。
